Date | Panel | Item | Activity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Skeletal dysplasia v4.20 | GPX4 | Eleanor Williams Tag Q2_23_promote_green was removed from gene: GPX4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.20 | GPX4 | Eleanor Williams edited their review of gene: GPX4: Added comment: The rating of this gene has been updated to green following NHS Genomic Medicine Service approval.; Changed rating: GREEN; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.19 | GPX4 |
Eleanor Williams Source Expert Review Green was added to GPX4. Rating Changed from Amber List (moderate evidence) to Green List (high evidence) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.6 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Classified gene: GPX4 as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.6 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Added comment: Comment on list classification: As reviewed by Zornitza Stark, there is sufficient evidence (>3 unrelated cases) available for this gene to be promoted to GREEN rating at the next major update. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.6 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Gene: gpx4 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.5 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Publications for gene: GPX4 were set to 24706940; 32827718; 34931062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.5 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Publications for gene: GPX4 were set to 24706940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.4 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram Tag Q2_23_promote_green tag was added to gene: GPX4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v4.4 | GPX4 | Achchuthan Shanmugasundram reviewed gene: GPX4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24706940, 32827718, 34931062; Phenotypes: Spondylometaphyseal dysplasia, Sedaghatian type, OMIM:250220; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v2.168 | GPX4 |
Zornitza Stark changed review comment from: PMID: 32827718 1x consaguineous family with 2x infants who died within first week of life. Homozygous frameshift variant.; to: PMID: 32827718 New consaguineous family with 2x infants who died within first week of life. Homozygous frameshift variant. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v2.168 | GPX4 | Zornitza Stark reviewed gene: GPX4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24706940, 32827718; Phenotypes: Spondylometaphyseal dysplasia, Sedaghatian type MIM#250220; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.190 | GPX4 | Eleanor Williams Classified gene: GPX4 as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.190 | GPX4 | Eleanor Williams Added comment: Comment on list classification: Demoting from Green to Amber. 3 variants but only 2 cases. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.190 | GPX4 | Eleanor Williams Gene: gpx4 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.154 | GPX4 |
Eleanor Williams commented on gene: GPX4: PMID: 24706940 - Smith et al 2014 - 2 cases. Case 1 - child with Sedaghatian-type spondylometaphyseal dysplasia (SSMD) heterozygous for two rare variants in GPX4;(c.587+5G>A) was inherited from the mother, and the second (c.588-8_588-4del) was de novo; both were predicted to impact splicing of GPX4. Case 2 - DNA from the child with SSMD was not available, the two unaffected parents were found by Sanger sequencing to each carry the same heterozygous stop mutation in exon 3 of GPX4, c.381C>A, p.Tyr127*. So 3 variants but from 2 cases. PubMed search did not find any other cases. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.153 | GPX4 |
Eleanor Williams Added phenotypes Spondylometaphyseal dysplasia, Sedaghatian type 250220 for gene: GPX4 Publications for gene GPX4 were changed from to 24706940 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.147 | GPX4 | Tracy Lester reviewed gene: GPX4: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: ; Publications: 24706940; Phenotypes: Spondylometaphyseal dysplasia, Sedaghatian type 250220; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.146 | GPX4 | Eleanor Williams reviewed gene: GPX4: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: ; Publications: ; Phenotypes: ; Mode of inheritance: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Skeletal dysplasia v1.145 | GPX4 |
Eleanor Williams Source NHS GMS was added to GPX4. Rating Changed from Green List (high evidence) to Green List (high evidence) |